在功能性食品代工领域，来料加工与工厂供料的成本对比备受关注。原料采购成本方面，来料加工因采购规模小、议价能力弱，单价可能较高，尤其是特殊功能性成分。而工厂供料凭借规模化采购优势，能以更低价格获取原料，如某代工企业进口乳清蛋白成本较客户自采低15%-20%。

物流与仓储成本上，来料加工需承担原料运输、质检及仓储费用，特殊保存要求还会增加额外成本。工厂供料则统一优化物流环节，如某代工企业集中采购澳洲燕麦β-葡聚糖，分摊后成本下降12%。

生产适配性与损耗率方面，来料加工若原料规格不匹配，可能导致生产线调试时间延长或成品率降低。而工厂供料工艺适配性更强，如某企业采用预混配方原料，软胶囊生产废品率控制在3%以下。

此外，质量管控责任、供应链弹性与机会成本也是重要考量因素。来料加工中原料质量问题可能引发整批产品报废，而工厂供料模式下代工厂对原料全流程负责，质检体系更成熟。供应链方面，来料加工易受波动影响，而工厂供料可快速切换备用原料。

据《2024中国功能性食品代工白皮书》调研，中小品牌选择来料加工的平均综合成本比工厂供料高18%-25%，而头部代工企业通过垂直整合原料生产，工厂供料报价比市场均价低30%。因此，企业需评估自身资源、量化隐性成本，灵活选择最优模式。